英語を漢字に直してみましょう。「CIRCLE」は「丸」です。

答えと同じ名前のフォルダがあるはずです。

そのフォルダを開きQ-2.pngを解きましょう。

上の動物の名前が縦に入るように埋めていきましょう。
一番左は「トド」が入ります。

数字を漢数字に変えてみましょう。

xをoに変えてみましょう。

「dummy」と書かれていた場合は不正解です。
今までの4問に間違いがないか確認をしましょう。

「dummy」ではなかった場合、それがMANUALフォルダを開くパスワードです。

MANUAL.zipを開き、パスワードを入力してください。

「かこう」は「河口」に、「しろ」は「シロ」と考えると上の式が成立しそうです。

下の式も同様に「体力」「イカ」と考えてみましょう。

英語を漢字に変えてみましょう。３つ合わせて１つの漢字になります。

「記号」は「マーク」、「平和」は「ピース」、「光線」は「ビーム」と言い換えられます。

足りていない○と×、そして枠に注目しましょう。出てきた形は３文字の英語として読めるはずです。

それがFIXフォルダを開くパスワードです。

FIX.zipを開き、パスワードを入力してください。

ミサトさんはMANUALフォルダのパスワードが「angel」だと言っていました。

ただし、実際に手元のMANUALフォルダは「genesis」で開きました。

なぜ食い違っているのでしょうか。

UAEDSA.pdfによると、使徒はSECRETフォルダにアクセスすると開放される可能性があるそうです。

USBメモリ内のMANUALフォルダは本当に正しいMANUALフォルダなのでしょうか。

ミサトさんの言うMANUALフォルダのパス「angel」ではないパスで開いた点、

そしてMANUALフォルダ内のURLを開いたところ、（SECRETフォルダにアクセスすると開放される可能性のある）使徒が開放された点、

この２点を踏まえると、先ほど開けたMANUALフォルダは実はSECRETフォルダなのではないでしょうか。何らかの原因で、MANUALフォルダとSECRETフォルダが入れ替わってしまっているようです。

MANUALフォルダとSECRETフォルダが入れ替わっているとすると、正しいMANUALフォルダは今SECRETという名前になっているようです。そしてこれを開けるパスワードは既にミサトさんから直接聞いているはずです。

どうやらこのメモリはコード0Cの攻撃を受けたことでフォルダの名前が変わってしまったようです。MANUALとSECRETが入れ替わるような変換のペアを特定しましょう。そしてその変換は他のファイル・フォルダにも影響があるはずです。試しにUAEDSA.pdfという変な名前のファイルも元に戻してみましょう。意味のあるファイル名になれば、攻撃があったと確信をもって良さそうです。

Qフォルダを解いて出るパスワードは、MANUALフォルダのパスワード＝angelでなければいけないのに、なぜかgenesisが出てきました。これはおかしいです。解き進める中で答えと同じ名前のフォルダを選んで進んでいたはずですが、その途中に使徒の攻撃が絡んでいるのではないでしょうか。

Qフォルダは答えのフォルダの名前が使徒の攻撃によって変わってしまっていたため、正しく辿れない状態だったようです。

先ほどVフォルダの謎を解き手に入れたパスワードが「dummy」でしたが、こちらも正しく辿れるようになっているはずです。

残念ながら現状のままではコアに到達できるプログラムはないようです。何とかして使徒のいるサーバの状況を変えることは出来ないでしょうか。

コード0Cを使徒のサーバに送り込むことが出来れば、コード0A,0Bの名称が書き換えられ、現状を変えることができます。送り込む方法は何かないでしょうか。

「shito.pdf」のコード0Cの説明によると、名前を書き換えたファイルの内部に潜伏し、転送をすると再攻撃をするそうです。コード0Cが潜伏している（コード0Cによって名前が書き替えられた）pdfが存在するはずです。それをアップロードしましょう。