2nd STEPで適用させた修正点は全部で5つだったはずなのに、「6つの修正点をすべて守れているか再確認してください」と返信には書かれており、修正点が1つ増えています。
「修正点は1枚につき1つ」のはずなのに、謎用紙が5枚しかない以上、どこを修正すればいいのでしょうか？

最初にナゾナオースに修正をしてもらったときに、なぜナゼナオースはこの持ち帰り謎のタイトルが「ネットワーズフォーリング」だと分かったのでしょうか？ それは書かれている通り、「この持ち帰り謎の画像を全部アップ」したためです。ナゾナオースには謎が書かれた紙5枚の画像だけではなく封筒の画像も含めた計6枚の画像を送っていることになります。
すなわち、1枚につき1つのみ適用する6つの修正点は「謎が書かれた紙5枚」の他に「封筒1枚」にも適用されるということがわかります。
※封筒の数え方は「通」ですが、「枚」という単位で封筒も計上されている理由はナゾナオースには画像という形で送られているためです。

どうみても最初に提示された修正点は5つしかないですが、実は6つの修正点になるようです。
ナゾナオースの文章はすべてカタカナで書かれていて、それをヨミヤスークが変換や改行をすることで読みやすくしてくれていました。この「翻訳」とも言える過程で何かトラブルが起こっているのでしょう。

元々は「ケンヲジュウニシ…チョウヲケシマス」と修正点が伝えられていたのですが、ヨミヤスークが誤った部分で区切りを入れて改行してしまったために、本来は6つの修正点が述べられているところ、5つになってしまったようです。まずは6つにするためにどこを切り離せばいいか考えましょう。

修正するということは5つの修正点のどこかに新たに動詞部分が隠れているということになります。この視点で修正点を読んでいくと「赤い文字をすべて白色に変更し」「ナイフ、熱意、貸し手、蝶を消します」の最中に「竹刀、船 追加し（て）」という動詞部分が隠れています。ということは、「竹刀、船」を追加する修正点が存在すると推測できます。

「竹刀、船」が登場する謎は「船やマッチのイラストの謎」です。実際に追加して解き直してみましょう。
※「しりとりする謎」に追加することも考えられますが、その場合「いちば」として捉えると11単語がすべて繋がってしまい答えが出ない状態に、「しじょう」として捉えると11単語中9単語しかつながらずに答えが出ない状態になってしまうため、不成立となります。

船を1つ追加すると上の行は「ねっとう（熱湯）」となり、確かに「沸いている水の入った鍋」のイラストに対応します。では竹刀を1つ追加すると下の行はどうなるでしょうか？

もう一度イラストに対してその個数文字目を読む法則で変換していきましょう。船をひとつ追加すると上は「ねっとう（熱湯）」となります。竹刀をひとつ追加すると下は「はいえい（背泳）」となるので、「背泳ぎしている」イラスト、つまり答えは「枯れ色（かれいろ）」になります。

「船やマッチのイラストの謎」に修正を施してしまったため、2nd STEPで適用させた「首にアクセサリーを追加して」の修正点は「1枚につき1つ」の原則により使えません。つまり、「首にアクセサリーを追加して」ではなく、一つ上の修正点の末尾の「て」を取り「手首にアクセサリーを追加し（て）」としなくてはいけません。
では、「手首」が出てきた謎はどこだったでしょうか？

「手首」が出てきた謎は「胃のイラスト→絵 の謎」でした。
手首にアクセサリーが巻かれたことで2行目のイラストは「腕輪（うでわ）」となったので、この状態で解き直してみましょう。

下の表で矢印の左側の言葉を構成する文字の点対象のマスを読んでみると、「い→え」「うでわ→はしご」となります。よって、「れすとらん」の点対称のマスを順番に読んで、答えは「ひかえしつ」になります。

「胃のイラスト→絵 の謎」に修正を施してしまったため、2nd STEPで適用させた「ナイフ、熱意、貸し手、蝶を消します」の修正点は「1枚につき1つ」の原則により使えません。
というより、そもそも「竹刀、船 追加し（て）」を修正点として新たに見つけたため使えません。
「蝶を消します」あるいは「手帳を消します」のうち、使えそうな修正点は「手帳を消します」の方でしょう。
（「蝶」は「しりとりする謎」にのみ登場していますが、この謎を修正することは「1枚につき1つ」の原則によって不可能です。）
では、「手帳」が出てきた謎はどこだったでしょうか？

「手帳」が出てきた謎は「同じ文字をペアで消す謎」でした。
「てちょう」を消して実際に解き直してみましょう。

同じ文字をペアで消していくと、「ょ」「し」「て」の3文字が消されずに残ります。この3文字を並び替えることで、答えは「しょて（初手）」です。

「同じ文字をペアで消す謎」に修正を施してしまったため、2nd STEPで適用させた「赤い文字をすべて白色に変更して」の修正点は「1枚につき1つ」の原則により使えません。
また、「赤い文字をすべて白色に変更して」の前後の修正点が確定したため、この修正点は「赤い文字をすべて白色に変更」となっています。
これは、残っている2枚の謎に適用させても謎の内容が変わったりはしないため「封筒」に適用させましょう。

残った修正点は冒頭の2行の
・県を十二支にし
・木を牛にし
の部分ですが、2nd STEPと同様に修正すると、a〜gを読んだときにおかしい文章になってしまうはずです。（実際に今まで3rd STEPで修正した答えを埋め直すとわかるはずです。）
つまり、この2行分も正しい修正点ではなさそうなので、区切りを捉え直して変化させる必要があるようです。

「ケンヲジュウニシキヲウシニシ」で区切りを新たに入れるならば、「ケンヲジュウニシ/ニシキヲウシニシ」となるでしょう。
残っている2枚の謎が書かれた紙をみて、どのように修正点を適用するか考えましょう。

「ケンヲジュウニシ」は「装備を通る謎」に「剣を銃にし」として適用させましょう。
「剣」が迷路上からなくなったことで最短ルートが変化します。

剣を銃にすることで、以下のように最短ルートが変化します。通った文字の偶数番目を読むと、答えは「どうにゅうぶ（導入部）」となります。

「ニシキヲウシニシ」は「カードを配置する謎」に「【にしき】を【うし】にし」として適用させましょう。
「にしき」がなくなったことで「ごい」の位置が重要になってきます。

上から「エゴイスト」「まえうしろ（前後ろ）」「いしゃりょう（慰謝料）」「きゅうけい（休憩）」という言葉ができるので、答えは「まえうしろ（前後ろ）」です。

すべて埋めると下のようになり、a〜gの丸を順番に読むことで「しろいにのうえ」という場所がでてきます。
実際に「白い【に】の上」を読んでみましょう。

「カードを配置する謎」の「にしき」のカードに「白い【に】」が書かれていますが、「にしき」は「うし」に修正しているため、この「に」の上にある「えいと」を答えても不正解となってしまいます。
また、無意味に封筒も修正するようにナゾナオースがいうとは考えられません。
修正によって、封筒に書かれた赤い「NETWORDS」が白色になったことで白い「TWO」、つまり白い「２」が現れていました。この真上には「トワ」と書かれているので、答えは「トワ（永遠）」となります。