右向き矢印の先には「大惨事」と書かれています。
すると、矢印が通った灰色の丸には「だい」と書かれているので、「さんじ」という文字列が足されていることになります。

右下向きの矢印の先には「後日」という単語がありますが、矢印が通った灰色の丸に書かれている文字がわかりません。
「だい」に「さんじ」が足されていることも踏まえて、「ごじつ」はどのように表されているのかを考えてみましょう。
赤丸の位置にも注目です。

大きな丸を時計と見立て、矢印の方向が表す時刻を丸の中の文字に足すという法則のようです。
前に足すか後ろに足すかは赤丸の位置で示されています。

答えは「いくじ」。

人と人の間に「にんげん」、空と空の間に「くうかん」と書かれています。

人の間で「にんげん(人間)」
空の間で「くうかん(空間)」
を表しています。
3行目のイラストは「手」なので、「手の間」です。

答えは「てま」。

一番左と右から2番目にある、漢字と三角の組み合わせを見てみると、漢字における「三角が示す方向」にあるパーツがカタカナとして読むと考えることができます。

前述の法則で解き進めると、3文字目は「メ」となります。
一番左の漢字は、下半分しか見えませんが、下を示す三角であることから「ハ」となりそうです。
同様の考え方で2文字目を見たときの三角が示す方向はわかりませんが、「巣」という漢字の中で、カタカナと読めそうなのは一番上の「ツ」だけだと考えられます。

「ハツメ？」から単語としてあり得るものを考えても答えを導けますが、4文字目について考えてみましょう。「ウ冠」が付き、左下をカタカナとして読める漢字を探す必要があります。
当てはまる漢字は「宿」です。

答えは「ハツメイ」。

もう一つの例示はインクで少し隠れていますが、「谷」であると推測できます。
ただし、このマスについては矢印がどちらを向いてるかインクで隠れていてわかりません。
が、「骨」の2文字目の2つ上に「た」か「に」が入るというところから考えましょう。

「骨」＝「ほね」、「癖」＝「くせ」とすると「ね」と「せ」が当てはまる四角の高さが同じになります。
このような文字の配置に覚えはないでしょうか？

それぞれの文字の配置から、これは五十音表の一部を抜き出したものだと推測できます。
答えは「ね」とそこから左上に2マス分読んだものです。

答えは「ふみ」。

「①け」は「さけ（酒）」だと推測できます。
つまり、「①け②゛飲め～」は「酒が飲め～」となりそうです、
酒を売る店、酒を飲む店を表す言葉を考えましょう。

「①②③」は「さかや」
「い①②゛③」は「いざかや」
が当てはまります。

答えは「ざっかや」。

「ウインドウ」はかろうじて読めそうです。
残りは「委？」「行？(下半分が貝)「以？(こざとへんの漢字)」「？働」といった感じです。
見えている部分と、熟語として成立する言葉、という観点で当てはまりそうな文字を考えてみましょう。

単語を推測すると、「委員会」「紺色」「ウインドウ」「心」「行員」「以降」「労働」となります。
それぞれの単語をひらがなに変換すると、あることに気付くかもしれません。

単語の読みの中に、「ん」が4つあります。「か」は、1つ前のヒントでは見つかりませんが、「委員」が「委員会」であれば、「か」が1つあるということになります。このことから、数字は枠内の単語に含まれる文字の数を表していると推測できます。
すべてひらがなにして、文字の数を数えてみましょう。

答えは「いどころ」。

漢数字は「一～四」、算用数字は「1～7」が存在します。
これ以上の数字が存在する可能性はありますが、イラストの名前に対応する数字を書き並べてみましょう。

「一二三四」＝「？んか？」
「12345667」＝「と？いあんぐる」
となっているようです。

それぞれの数字には三角形を表す言葉が対応しており、漢数字の場合は日本語、算用数字の場合は英語名が対応していました。
少しインクで隠れていますが、「一」「四」「2」に対応している文字を拾いましょう。

答えは「さくら」。

一番下のヒントをよく見ると、「C」の左には文字がなさそうに見えます。
つまり、C＝「う」ではないかと推測できます。

真ん中は、「？？？な立ち居振る舞い」「？？？なひと時」等の使い方をします。
一番上は、特に水泳における競技種目を指します。

真ん中は、BCD＝「ゆうが(優雅)」を表しています。
答えは時間帯を表す言葉です。

答えは「ゆうがた」。

左半分は上から
「たく｜？い」、「ふ｜どいん」、「？ぃふ｜ん」
となり、｜の場所（矢印が通る場所）が「猫」を表していると考えて良さそうです。

ここで、通っている行が3行であることから、1行ごとに1文字を表していると仮定して、「猫」を3文字で表してみましょう。

「猫」を英語にすると「CAT」となり、3文字で表せそうです。
これを矢印の通る場所に当てはめて考えてみましょう。

各行を横向きに読んだときに、矢印の縦線が通る場所に「アルファベットの名前」を当てはめて、単語が成立するようにします。
すると、例示は
「たくＣ(しー)だい」「ふＡ(えー)どいん」「ふぃふＴ(てぃー)ん」
となり成立します。

右側が示すものは
「く？ちょん」…記号
「すーつ？す」…大きな入れ物
「ほ？とでー」…あるイベントの日
となりそうです。
また、例示で英単語を日本語に変換していたので、答えも日本語にして答えましょう。

答えは「そら」。

まず、「2」のマスを通る言葉を考えましょう。
横向きであれば3か4文字、縦向きであれば3文字の言葉が入りそうです。
横向きに言葉が入る場合、「ホクト」「ユウキ」「ドラヤキ」のいずれにおいても縦に交差できる言葉がない、もしくは交差するとインクの範囲をはみ出てしまうということになります。
これにより、「2」のマスを通る言葉は3文字とわかります。

前述の場所に「ホクト」を入れる場合、「ト」の位置で「アジャスト」が横に交差することになります。
しかし、「1」が少し見えているマスの左に1マス足りないことになってしまいます。
これにより、ここに入る言葉は「ユウキ」ということが確定します。

「ユウキ」と交差できるのは「ドラヤキ」のみです。
以降は、空欄の配置と言葉を考えて埋めていけば盤面が確定していきます。

盤面は以下のようになります。

　　　ユ
　ニ　ウ
ドラヤキ　ホ
　ミ　　　ク
　アジャスト
　イ

答えは「ドウミャク」。

赤い枠には「煙」、青い枠には「翼」が当てはまりそうです。
その下にある文字が3文字であることから、「煙」のパーツが移動することで、「けむり」が「すふれ」に、同様に「翼」のパーツが移動して「つばさ」が「たひち」になっていると考えましょう。

まず「煙」について考えてみましょう。
漢字の読みの文字数、答えの文字数、漢字のパーツの数がいずれも「3」であることから、漢字のパーツと読みが紐づいていると考えられます。
また漢字を書く順番と読みの順番で対応しているということから、「火」＝「け」、「西」＝「む」、「土」＝「り」と対応しているのではないかと考えてみましょう。

「火」＝「け」→「す」
「西」＝「む」→「ふ」
「土」＝「り」→「れ」
と変化していると考えましょう。
このとき、それぞれの漢字のパーツが枠からどれぐらいずれているかに着目してみましょう。

「け」が1つ左上にずれて「す」
「む」が1つ右にずれて「ふ」
「り」が2つ下にずれて「れ」
になっているということになります。
また、真ん中の例示も考えると、
「羽」＝「つ」→「た」
「田」(右上に✕)＝「ば」→「ひ」
「共」＝「さ」→「ち」
となり、ここから「✕」の意味もわかりそうです。

分割した漢字のパーツに、分割前の漢字の読みを対応させ、枠からずれた分だけ、五十音表で位置をずらす、という法則です。
また、右上の「✕」は「゛」を消すという意味です。
一番右のパーツを集めると「姿」になるので、
「ン」＝「す」、「欠」＝「が」、「女」＝「た」として文字列を変換してみましょう。

答えは「さかな」。

点線の区切りをそのイラストが表す名前の文字数だとすると、左から「ふくろう／みみずく」「かざみどり」「あおもり」のようです。
この名前のどこが「み」になっているかが重要です。

「み」になっている部分は
「ふくろう／みみずく」の「くろ／みず」
「かざみどり」の「みどり」
「あおもり」の「あお」
です。
この部分に共通点を考えてみましょう。

「み」になっている部分の共通点を見ると、イラストは「『いろ』が『み』」になっています。

答えは「いろがみ」。

これまでの謎を解いてきたの中で、例示の内容に見覚えが無いでしょうか？

ここで謎Iを見返すと例示の内容が一致しています。
また、この3rd STEPで空欄に入れる答えの数は12個であるということから、この謎の空欄は謎Iのものと一緒であるのではないかと推測できます。

しかし、謎Iの空欄に12個の答えを入れようとも、謎M～Xの答えは2～5文字であり、そのまま入れていくのは難しそうです。
答えの個数やマスの配置から、上から下に入れていくという方針は間違いなさそうです。
空欄に文字を埋められるように答えを変換してみましょう。

答えを漢字表記にすると当てはまりそうです。
謎M～Xの答えを見ていくと、
1文字で表せそうなのは「ふみ」「さくら」「そら」「さかな」の4つ
2文字で表せそうなのは「いくじ」「てま」「はつめい」「いどころ」「ゆうがた」「どうみゃく」「いろがみ」の7つ
3文字で表せそうなのは「ざっかや」の1つです。

これらを例示が成立するように空欄に入れていきましょう。

空欄に当てはまるのが漢字であるため、謎Iでしたように「五十音表で三角の方向にずらす」ということはできません。
ここで、思い出すべきは謎Oです。
漢字に書き添えられていた三角の向きを見て、その漢字のパーツを拾うという謎でした。
この法則で、空欄に描かれた三角を利用すると、
右上の例示は「『桜』の右上」＝「ツ」、「夕(夕方の夕)」
左下の例示は「『動』の右」＝「カ」、「『空』の下」＝「エ」、「『児』の下」＝「ル」
とわかります。

空欄に当てはまる答えは左から順に
「桜」「色紙」「発明」「空」「夕方」「魚」「手間」「雑貨屋」「動脈」「育児」「居所」「文」
となります。
指定された場所から漢字を拾っていきましょう。
答えは漢字3文字です。

答えは「めいぶんか(明文化)」。