この謎を始める際、初めに目にした四角形について考えてみましょう
封筒は厳密には四角形ではありません
またSTEP1の謎用紙や、遊び方の用紙は四角形ではありますがそれよりも先に目にした四角形があるはずです

6つ順に～という記述にも注意しましょう
6つで1組になっています

初めに目にした四角形とは、この謎のタイトルである「SQUARE」のことです
こちらを順に重ねましょう

タイトルの「SQUARE」は、1文字が5×5の四角形の集合で構成されています

これを元に、並べたもので読め、という指示が示すものを考えてみましょう

並べたものとは、もちろんこれまでに5×5の形に並べた25枚の謎用紙のことです

次に、下の図が表すものを考えてみましょう
白い四角形が6つ重なったものを読むと「転移」になるようです
これまでの指示で6つ重ねたものがありました

6つ重ねたものは「SQUARE」の6文字です
この6文字を順に重ねると、下の図が表しているように6つの白い四角形が重なる部分が2か所現れます
その部分に該当する謎の答えは「テン」と「い」です

では黒い四角形ではどうなるでしょうか

同様にタイトルの6文字を順に重ねると、6つの黒い四角形が重なる部分が3か所現れます

その部分に該当する謎の答えは「たてかんばん」「ぺんち」「セット」です
後は矢印が表す意味を考えましょう

線が4本ある矢印は答えが「フラッペ」の謎に出てきました
線の数に対応した五十音表の段のみを消しましょう
線の数が4本なので、た段の「たちつてと」を消します

また、点線の矢印は答えが「こん」の謎に出てきました
これは、変換前の文字を逆から読んだものにします

「たてかんばん」「ぺんち」「セット」から「たちつてと」を抜いて、「かんばんぺんせ」

「かんばんぺんせ」を逆から読んで「せんぺんばんか」

よって答えは「せんぺんばんか（千変万化）」です